แรกเริ่มเดิมทีโรงงานเภสัชกรรมทหารนั้นมีอยู่แล้ว แต่เหตุผลที่มีการของบประมาณ 938 ล้านบาทเพื่อสร้างโรงงานแห่งที่สองนี้ขึ้นมา สำนักงานปลัดกระทรวงกลาโหมชี้แจงว่าเป็นเพราะเหตุผลด้านความมั่นคง ต้องการขยายกำลังการผลิตเพื่อเพิ่มขีดความสามารถในการดูแลตัวเองของประเทศ ยามเกิดภัยสงครามจะได้มียาใช้อย่างเพียงพอ โดยจากการชี้แจงของตัวแทนกองทัพ ปัจจุบันโรงงานเภสัชกรรมทหารผลิตยาได้ 20 รายการ และหากมีการสร้างโรงงานใหม่จะเพิ่มเป็น 35 รายการ แต่ทว่าในแคตาล็อกของโรงงานกลับระบุว่า ปัจจุบันมีการผลิตและจำหน่ายยาไปแล้ว 63 รายการ ผู้ชี้แจงยังระบุอีกว่า การก่อสร้างเพื่อขยายกำลังการผลิตโรงงานแห่งที่สองที่ อ.บ้านโป่ง จ.ราชบุรี จะทำให้มีพื้นที่ใช้สอยเพิ่มขึ้นถึงสองเท่าตัวจาก 1,032 ตารางเมตรเป็น 2,400 ตารางเมตร และจะมีกำลังผลิตยามากขึ้นถึง 3.3 เท่าตัว จากที่ผลิตได้ 180 ล้านเม็ดต่อปี เพิ่มเป็น 600 ล้านเม็ดต่อปี แต่เมื่อพิจารณาข้อมูลดังกล่าวประกอบกับข้อมูลด้านการเงินที่ทางหน่วยงานชี้แจงมา จะพบข้อผิดสังเกตทันที เพราะที่ผ่านมากำไรจากการขายยาโดยโรงงานเภสัชกรรมทหาร มีเพียง 3-5 ล้านบาทต่อปีเท่านั้น แต่การชี้แจงกลับระบุว่าหากสร้างโรงงานเพิ่มขึ้นแล้ว จะมีกำไรเพิ่มขึ้นเป็น 50 ล้านบาทต่อปี หมายความว่ากำลังการผลิตเพิ่มขึ้น 3.3 เท่าตัว แต่กำไรจะเพิ่มขึ้นมากกว่า 10 เท่าตัว อย่างนั้นหรือ?

สำหรับประเด็นสำคัญที่กัลยพัชรชี้ให้เห็น คือเรื่องการจัดสรรทรัพยากร โดยเฉพาะงบประมาณภายใต้กระทรวงกลาโหมในสัดส่วนนี้ ซึ่งตั้งคำถามว่าซ้ำซ้อนกับงบประมาณกระทรวงสาธารณสุขหรือไม่ ความมั่นคงทางยาควรอยู่ในมือขององค์กรที่รับผิดชอบภารกิจโดยตรง ในที่นี้คือองค์การเภสัชกรรม สุดท้าย กัลยพัชร ขอปรับลดงบประมาณในการสร้างโรงงานเภสัชกรรมทหารแห่งที่สองลงทั้งหมด จำนวน 938 ล้านบาท เพื่อลดความซ้ำซ้อนของภารกิจ การผลิตยาไม่ควรเป็นภารกิจของกองทัพ แต่ควรถูกถ่ายโอนให้หน่วยงานหลักอย่างองค์การเภสัชกรรม สำหรับยาที่ผลิตน้อย บริษัทเอกชนผลิตไม่คุ้มค่า แต่ยังจำเป็นต้องใช้ในการทหาร ก็สามารถใช้จ้างผลิตได้ กองทัพไม่จำเป็นต้องตั้งโรงงานผลิตเอง ซึ่งจะเป็นภาระงบประมาณของประเทศโดยไม่จำเป็น