จากประเด็นปัญหาการทุจริตที่ทั้งนักการเมืองและผู้บริหารบมจ.การบินไทย ในยุคอดีตร่วมกันก่อขึ้น จนกระทั่งคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) มีมติให้เริ่มแจ้งข้อกล่าวหา บุคคลผู้เกี่ยวข้องกับการจัดซื้อเครื่องบินแอร์บัสแบบ A340-500 และแบบ A340-600 จำนวน 10 ลำ ในช่วงปี 2546-2547
เนื่องเพราะการอ้างถึงนโยบายการเปิดน่านฟ้าเสรี หรือ “ Open Sky Policy ” แล้วเร่งอนุมัติจัดซื้อเครื่องบินแอร์บัส ล็อตดังกล่าว ได้สร้างความเสียหายในภาพรวมทางธุรกิจให้กับ บมจ.การบินไทย เป็นเม็ดเงินมหาศาล แต่ประเด็นสำคัญ คือ บาดแผลที่ระบอบทักษิณ สร้างตราบาปไว้กับ บมจ.การบินไทย มีเพียงเท่านั้นจริงหรือไม่
โดยเฉพาะในช่วงปี 2547 ตรวจพบว่ายอดหนี้สินรวมของบมจ.การบินไทย อยู่ที่ 138,887 ล้านบาท แต่เพิ่มขึ้นเป็น 172,426 ล้านบาท ในปี 2548 และ 183 ,353 ล้านบาท ในปี 2549
สอดคล้องกับตัวเลขหนี้สินภายใต้เงื่อนไขสัญญาเช่าเครื่องบิน ซึ่งถือเป็นองค์ประกอบหนึ่งของหนี้สินระยะยาว ในช่วงปี 2547 จนถึง 2550 มีจำนวนเพิ่มจาก 39,672 ล้านบาท ในปี 2547 เป็น 70,572 ล้านบาท ณ ยอดสรุปในวันที่ 31 ธ.ค. 2550
ที่น่าสนใจคือนับตั้งแต่ปี 2544 หรือ ตั้งแต่ยุคเริ่มต้นรัฐบาล ทักษิณ ชินวัตร เข้าบริหารประเทศ มีข้อสังเกตถึงความเปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้น กับยอดหนี้สินระยะยาวของบมจ.การบินไทย โดยเฉพาะมูลค่าหนี้ภายใต้เงื่อนไขสัญญาเช่าเครื่องบิน ดังนี้
ปี 2544 หนี้สินภายใต้เงื่อนไขสัญญาเช่าเครื่องบิน ตามรายงานประจำปี 2544 มียอดหนี้ 9,927 ล้านบาท แต่มีการปรับปรุงตามรอบบัญชีใหม่และแสดงในรายงานประจำปี 2545 เพิ่มเป็น 44,822 ล้านบาท
ส่วน ปี 2545 ยอดหนี้ภายใต้สัญญาเช่าเครื่องบินของบมจ.การบินไทย อยู่ที่ 34,801 ล้านบาท จากนั้นก็มีการปรับขึ้นโดยเฉลี่ยแทบทุกปี คือ
ปี 2546 จำนวน 35,292 ล้านบาท
ปี 2547 จำนวน 39,672 ล้านบาท
ปี 2548 จำนวน 49,101 ล้านบาท
ปี 2549 จำนวน 53,486 ล้านบาท
ปี 2550 จำนวน 70,572 ล้านบาท
ปี 2551 จำนวน 65,336 ล้านบาท
ปี 2552 จำนวน 68,028 ล้านบาท
ปี 2553 จำนวน 54,732 ล้านบาท
ปี 2554 จำนวน 47,793 ล้านบาท
ปี 2555 จำนวน 61,611 ล้านบาท
ปี 2556 จำนวน 63,319 ล้านบาท
ปี 2557 จำนวน 61,389 ล้านบาท