ตุลาการศาลปกครองสูงสุด ฝ่ายเสียงข้างน้อย มีความเห็นแย้ง ว่าประการที่หนึ่ง ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 2 โดยความเห็นชอบของผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 มีอำนาจแก้ไขหลักเกณฑ์ในการประเมินข้อเสนอที่ปรากฎอยู่ในเอกสาร RFP มากน้อยเพียงใด
พิเคราะห์แล้วเห็นว่า แม้ว่ามาตรา 39 (3) แห่งพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติรราชการทางปกครอง พ.ศ.2539 จะให้อำนาจเจ้าหน้าที่ในการกำหนดข้อสงวนสิทธิที่จะยกเลิกคำสั่งทางปกครองก็ตาม แต่การสงวนสิทธิดังกล่าว ปรากฏข้อความในเอกสารประกาศเชิญชวน เอกสารการคัดเลือกเอกน และร่างสัญญาร่วมลงทุนโครงการรถไฟฟ้าสายสีส้ม(บางขุนนนท์ มีนบุรี) ดังนี้
ตุลาการศาลปกครองสูงสุดเสียงข้างน้อยเห็นว่า ข้อความสงวนสิทธิ์ที่ว่า “สงวนสิทธิ์ตามดุลพินิจที่จะยกเลิกการประกาศเชิญชวนข้อเสนอ หรือยกเลิกการคัดเลือกโดยไม่ พิจารณาคัดเลือกผู้ยื่นข้อเสนอรายใดเลย…” ย่อมหมายถึง การยกเลิกการดำเนินการประกาศเชิญชวนให้ยื่นข้อเสนอ ซึ่งอาจใช้ในกรณีที่เมื่อประกาศให้ยื่นข้อเสนอแล้ว ปรากฎว่ามีผู้ยื่นข้อเสนอเพียงรายเดียวหรือจำนวนน้อยเกินกว่าที่จะมีการแข่งขันกันหลายๆ ราย จึงจำเป็นต้องยกเลิกการเชิญชวนเพื่อประกาศเชิญชวนครั้งใหม่ เป็นต้น ข้อสงวนสิทธิ์ดังกล่าว ย่อมต่างจากข้อสงวนสิทธิ์ที่จะ ยกเลิก “ประกาศ” เชิญชวน กล่าวคือ การยกเลิก “การดำเนินการประกาศเชิญชวน” ย่อมนำไปสู่การดำเนินการประกาศเชิญชวนรอบใหม่โดยที่เอกสารที่เป็นประกาศเชิญชวนฉบับเดิมที่ได้ผ่านกระบวนการจัดทำตามขั้นตอนที่กฎหมายและระเบียบต่าง ๆ กำหนดไว้ยังคงดำรงอยู่ ส่วนการยกเลิกประกาศเชิญชวนย่อมทำให้เอกสารที่เป็นประกาศเชิญชวนนั้นสิ้นสุดลง และนำไปสู่การต้องจัดทำเอกสารฉบับใหม่ตามขั้นตอนของกฎหมาย และระเบียบ ดังนั้น ในเมื่อการสงวนสิทธิ์ไม่ได้พูดถึงการยกเลิกประกาศเชิญชวนให้ยื่นข้อเสนอ ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 2 โดยความเห็นชอบของผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 จึงไม่มีอำนาจที่จะยกเลิกหรือ เปลี่ยนแปลงแก้ไขประกาศเชิญชวนให้ยื่นข้อเสนอโดยพลการ
นอกจากนั้น การสงวนสิทธิ์ ตามข้อ 12.2 ของประกาศเชิญชวนให้ยื่นข้อเสนอก็ดี ตามข้อ 35.2 ของเอกสาร RFP ก็ดี ระบุให้สิทธิ์ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 2 โดยความเห็นชอบของผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 ที่จะเปลี่ยนแปลง แก้ไข เพิ่มเติมรายละเอียด รวมถึงลด หรือขยายระยะเวลาของการคัดเลือกตามประกาศเชิญชวนข้อเสนอเพื่อให้เป็นไปตามความประสงค์ของ รฟม. และมติของคณะรัฐมนตรีเท่านั้น มิใช่เป็นการสงวนสิทธิ์ให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 2 โดยความเห็นชอบของผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 เปลี่ยนแปลง แก้ไข หรือเพิ่มเติมสิ่งที่เป็นสาระสำคัญอันได้ผ่านกระบวนการพิจารณาจัดทำจากหน่วยงานต่างๆ ตามขั้นตอนของกฎหมายและระเบียบที่เกี่ยวข้องมาแล้ว
การที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 2 โดยความเห็นชอบของผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 เปลี่ยนแปลง แก้ไข หรือเพิ่มเติมสิ่งที่เป็นสาระสำคัญในเอกสาร ไม่ว่าจะเป็นประกาศเชิญชวนให้ยื่นข้อเสนอก็ดี เอกสารการคัดเลือกเอกชนหรือ RFP ก็ดี ย่อมเป็นการกระทำที่นอกเหนืออำนาจหน้าที่ที่จะทำได้
ประการที่สอง การที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 2 โดยความเห็นชอบของผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 แก้ไขหลักเกณฑ์การคัดเลือกเอกชนตามที่ปรากฎอยู่ในเอกสาร RFP เป็นการแก้ไขสิ่งที่เป็นสาระสำคัญ ไม่ใช่การแก้ไขรายละเอียด
หลักเกณฑ์การคัดเลือกเอกชนตามที่ปรากฎอยู่ในข้อมูลสำหรับการรับฟังความคิดเห็นของภาคเอกชนประกอบการพิจารณาจัดทำร่างประกาศเชิญชวน ร่างเอกสารการคัดเลือก และร่างสัญญาร่วมลงทุน ลงวันที่ 5 เมษายน 2563 (ในเอกสาร RFP ข้อ 9 ข้อ 10 และข้อ 11 เป็นข้อความเดียวกับประกาศข้างต้น) กำหนดไว้ว่า