28 พฤศจิกายน 2564 เฟซบุ๊ก “ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ (Center for Medical Genomics) คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล” โพสต์ข้อความให้ความรู้เกี่ยวกับการจะตรวจคัดกรอง “Omicron (B.1.1.529)” โควิดกลายพันธุ์ที่น่ากังวล (VOC) ตัวใหม่ล่าสุดกันอย่างไร ดังนี้
วันที่ 24 พฤศจิกายน 2021 ประเทศแอฟริกาใต้ รายงานไปยัง WHO ถึงการตรวจพบ “B.1.1.529” จากตัวอย่างที่เก็บจากผู้ติดเชื้อคาดว่าเป็นรายแรกเมื่อวันที่ 9 พฤศจิกายน 2021
26 พฤศจิกายน 2564 WHO กําหนดให้ B.1.1.529 เป็น สายพันธุ์ที่น่ากังวล (variants of concern)* โดยให้ชื่อว่า “Omicron” เนื่องจากมีการแพร่ติดต่อระหว่างคนสู่คนอย่างรวดเร็ว และมีการกลายพันธุ์ต่างไปจากไวรัสดั้งเดิมถึงกว่า 60 ตำแหน่ง หลายตำแหน่งเป็นการกลายพันธุ์ที่ WHO เคยระบุไว้ว่าเป็น สายพันธุ์ที่น่ากังวล (variants of concern; VOC) หรือสายพันธุ์ที่ต้องให้ความสนใจ (variants of interest; VOI) เช่น สายพันธุ์ อัลฟา เบตา แกมมา เดลตา ฯลฯ
การวินิจฉัย “B.1.1.529” ทางห้องปฏิบัติการ ปัจจุบันยังคงตรวจพบสายพันธุ์นี้ได้ด้วยชุดตรวจ “ATK” และ “PCR” อย่างไรก็ดีห้องปฏิบัติการหลายแห่งระบุว่าสําหรับการทดสอบ PCR ที่ตรวจไวรัสโควิด 2019 พร้อมกัน 3 ยีน จะมียีน “S” ที่อาจจะตรวจจับไม่ได้เนื่องจากมีการกลายพันธุ์ไปมาก (S dropout) WHO กล่าวว่าข้อสังเกตนี้สามารถใช้เป็นตัวคัดกรองตัวอย่างต้องสงสัยว่าจะเป็นสายพันธุ์ “Omicron” ได้
27 พฤศจิกายน 2564 ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ. รามาธิบดี ประสานกับห้องปฏิบัติการไวรัสวิทยา รพ. รามาธิบดี ให้เฝ้าระวัง ตัวอย่าง S dropout หากพบเพื่อความรวดเร็วจะนำมาตรวจจีโนไทป์กับตัวตรวจตาม 40 ตำแหน่งด้วยเทคโนโลยี “Mass array”ให้แล้วเสร็จใน 24-48 ชั่วโมง เนื่องจากจะมีต้นทุนที่ประหยัดกว่าการถอดรหัสพันธุ์กรรมทั้งจีโนม เพื่อให้ทราบว่าเป็นสายพันธุ์ Omicron (B.1.1.529) ในเบื้องต้นหรือไม่ (ภาพ 1)
อนึ่งชุดตรวจสายพันธุ์ Omicron (B.1.1.529) ซึ่งจะตรวจ “40 ตำแหน่ง” บนจีโนมไวรัสพร้อมกันโดยอาศัยเทคโนโลยี “Mass Array” คาดว่าจะแล้วเสร็จใช้งานได้ในอีก 2 สัปดาห์จากนี้ ซึ่งจะสามารถตรวจสายพันธุ์ Omicron ได้ 1,000 ตัวอย่างต่อสัปดาห์ หากมีความจำเป็น
จากนั้นมีการยืนยันผลด้วยเครื่องถอดรหัสพันธุกรรมรุ่นที่ 3 (3rd generation sequencer) ซี่งจะถอดรหัส SARS-CoV-2 ทั้งจีโนมแล้วเสร็จได้อย่างรวดเร็วใน 48-72 ชั่วโมงโดยไม่ต้องรอทำตัวอย่างครั้งละมากๆ แต่หากมีความจำเป็นต้องทำจำนวนมากก็ สามารถรองรับการถอดรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของไวรัสโคโรนา 2019 ได้ประมาณ 100 รายต่อสัปดาห์ เพื่อดูรายละเอียดของการกลายพันธุ์ทังจีโนม 3 หมื่นตำแหน่ง (ภาพ 2)
ส่งลําดับจีโนมที่สมบูรณ์และข้อมูลที่เกี่ยวข้องทางระบาดวิทยาและทางคลินิกไปยังฐานข้อมูลที่เปิดเผยต่อสาธารณะ เช่น “GISAID” ภายใน 48 ชั่วโมงหลังได้ข้อมูลรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของ Omicron (ภาพ 3)
ร่วมมือกับกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ กระทรวงสาธารณสุขอย่างใกล้ชิดในการร่วมด้วยช่วยกันถอดรหัสพันธุกรรมไวรัสโคโรนา 2019 จากตัวอย่างทั่วประเทศ
Omicron (B.1.1.529) คาดว่าจะก่อให้เกิดการระบาดของโควิด-19 ระลอกใหม่ในแอฟริกา (ภาพ 4) และอาจเกิดการระบาดไปทั่วโลกได้ ขณะนี้พบว่ามีการแพร่ติดต่ออย่างรวดเร็วเหนือกว่าเดลตา และกลายพันธุ์ต่างไปจากไวรัสดั้งเดิม (Wuhan virus) มากกว่า 60 ตำแหน่ง (ภาพ 5)
*คำจำกัดความของการกลายพันธุ์ที่น่ากังวล (variant of concern) ของ WHO คือ
ไวรัสกลายพันธุ์ที่
1. มีการแพร่ติดต่อเพิ่มขึ้นที่จะเป็นอันตรายต่อประชาชน
2. เพิ่มความรุนแรงในด้านอาการทางคลินิก หรือ
3. ลดประสิทธิผลของมาตรการด้านสาธารณสุขและสังคม หรือการตรวจวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการ เช่น ATK หรือ PCR ด้อยประสิทธิภาพวัคซีน ยาต้านไวรัสที่มีใช้อยู่
