วันที่ 7 มี.ค. 65 ศาลปกครองสูงสุดมีคำพิพากษากลับคำสั่งและคำพิพากษาศาลปกครองกลาง เป็นให้ยกคำขอให้พิจารณาคดีใหม่ของกรมควบคุมมลพิษและกระทรวงการคลัง และให้บังคับตามคำชี้ขาดของคณะอนุญาโตตุลาการที่ให้กรมควบคุมมลพิษต้องจ่ายเงินค่าจ้าง ค่าเสียหาย และดอกเบี้ย ให้แก่กิจการร่วมค้า เอ็นวีพีเอสเคจี กรณีสัญญาโครงการออกแบบรวมก่อสร้างระบบบำบัดน้ำเสียคลองด่าน เนื่องจากเห็นว่า ในส่วนของกระทรวงการคลัง ไม่ได้เป็นผู้ฟ้องคดีหรือผู้ถูกฟ้องคดีอันมีฐานะเป็นคู่กรณีตามคำพิพากษาศาลปกครอง ตลอดจนมิใช่คู่สัญญาตามสัญญาโครงการจัดการน้ำเสียในเขตควบคุมมลพิษ จ.สมุทรปราการ ฝั่งตะวันออกและตะวันตก เลขที่ 75/2540 ลงวันที่ 20ส.ค. 40 และไม่อยู่ในบังคับตามคำชี้ขาดของคณะอนุญาโตตุลาการ หมายเลขแดงที่ 2/2554 ลงวันที่ 12 ม.ค.2554 และคำพิพากษาของศาลปกครองสูงสุดย่อมมีผลผูกพันเฉพาะคู่กรณีในคดีเท่านั้น ไม่ได้มีผลกระทบต่อสิทธิและหน้าที่ของกระทรวงการคลังที่จะมีผลทำให้เป็นบุคคลภายนอกผู้มีส่วนได้เสียหรืออาจถูกกระทบจากผลแห่งคดีดังกล่าวแต่อย่างใด กระทรวงการคลังจึงไม่มีสิทธิร้องขอให้พิจารณาคดีใหม่ได้
ส่วนกรมควบคุมมลพิษ ศาลปกครองสูงสุดโดยประชุมใหญ่ตุลาการในศาลปกครองสูงสุดเห็นว่า ข้อเท็จจริงที่ปรากฏตามคำพิพากษาศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง คดีหมายเลขแดงที่ อม.2/2551 และคำพิพากษาศาลแขวงดุสิต คดีหมายเลขแดงที่ 3501/2552 กรมควบคุมมลพิษได้เสนอข้อเท็จจริงดังกล่าวต่อศาลปกครองมาแต่แรกในชั้นการพิจารณาคดีครั้งก่อน โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ในคดีของศาลแขวงดุสิต ตามคำพิพากษาคดีหมายเลขแดง ที่ 3501/2552 ที่กรมควบคุมมลพิษเป็นโจทก์ยื่นฟ้องกิจการร่วมค้า เอ็นวีพีเอสเคจี ที่ 1 กับพวกรวม 19 คน เป็นจำเลย ซึ่งมีประเด็นวินิจฉัยเกี่ยวกับการร่วมกันกระทำความผิดฐานฉ้อโกงในการทำสัญญาโครงการ ย่อมแสดงว่ากรมควบคุมมลพิษต้องมีพยานหลักฐานเพื่อสนับสนุนข้อกล่าวอ้างว่าสัญญาเกิดขึ้นจากการร่วมกันทุจริตทั้งฝ่ายเจ้าหน้าที่ของรัฐและกลุ่มเอกชนที่เกี่ยวข้องอยู่ก่อนแล้ว แต่กรมควบคุมมลพิษไม่นำเสนอเข้ามาในชั้นอนุญาโตตุลาการ หรือในการยื่นคำร้องขอเพิกถอนคำชี้ขาดของอนุญาโตตุลาการต่อศาลปกครอง กรณีจึงมิใช่พยานหลักฐานใหม่อันอาจทำให้ข้อเท็จจริงที่ฟังเป็นยุติแล้วนั้นเปลี่ยนแปลงไป