วันที่ 11 ก.ค. 2564 กรมศุลกากร ชี้แจง กรณีที่มีการเผยแพร่ข่าวผ่านสื่อสังคมออนไลน์ ถึงกรณีที่รัฐบาลเก็บภาษีวัคซีนโมเดอร์น่า กว่า 100% โดยให้ข้อมูลว่ามีการเก็บภาษีนำเข้าด้วยนั้น นายพชร อนันตศิลป์ อธิบดีกรมศุลกากร เปิดเผยว่า กรมศุลกากรขอยืนยันว่า ไม่ได้มีการเรียกเก็บภาษีนำเข้าวัคซีนทุกประเภทตามที่มีกระแสข่าวตามสื่อสังคมออนไลน์ โดยปัจจุบันการนำเข้าวัคซีนและอุปกรณ์การแพทย์ต่างๆ ได้รับการยกเว้นการเก็บภาษีนำเข้าให้เหลือ 0% ทั้งหมดอยู่แล้ว จะเหลือเพียงแค่เก็บภาษีมูลค่าเพิ่ม (แวท) ที่ 7% เพียงอย่างเดียว ดังนั้นข่าวลือที่ออกมาว่ารัฐบาลมีการเรียกเก็บภาษีวัคซีนโมเดอร์นารวมแล้วสูงนับร้อยเปอร์เซนต์จึงไม่เป็นความจริง
นอกจากนี้ ที่ผ่านมา ครม.ได้มติเห็นชอบให้ขยายเวลายกเว้นอากรศุลกากรสำหรับ ของที่นำเข้ามาใช้ในการรักษา วินิจฉัย หรือป้องกันโรคติดเชื้อไวรัสโควิด-19 ตามรายการที่กระทรวง สาธารณสุขกำหนด เพื่อดูแลและเยียวยาผลกระทบจากการแพร่ระบาดของโควิด-19 ซึ่งจะทำให้ ไม่ต้องเสียอากรนำเข้า จนถึงเดือนมีนาคม 2565 แต่ยังคงต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มอยู่
ทั้งนี้กรมสรรพากรได้ร่วมชี้แจ้ง ถึงกระแสข่าวการเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มการนำเข้าวัคซีนทางเลือกของบริษัทเอกชน ถึง 2 เด้ง รวมเป็น 14% นั้นไม่ใช่ความจริง และเป็นการเข้าใจที่คลาดเคลื่อน เพราะข้อเท็จจริงการเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มสามารถใช้ภาษีขายมาหักภาษีซื้อได้
“เมื่อผู้นำเข้าวัคซีนได้นำเข้าวัคซีนมาในราคา 100 บาท มีภาษีมูลค่าเพิ่มจากการนำเข้า 79 คิดเป็นภาษีซื้อ 7 บาท ซึ่งในส่วนของภาษีซื้อนี้ ผู้นำเข้าสามารถขอคืนได้หรือเอาไปหักออกจากภาษีขายได้ด้วย ดังนั้นหากนำเข้ามาแล้ว ขายต่อโดยไม่คิดกำไร ก็จะขอคืนแวทได้ทั้งหมดแต่หากมีการนำเข้ามาแล้วขายทำกำไรก็จะเสียภาษีมูลค่าเพิ่มเฉพาะส่วนต่างกำไรที่เกิดขึ้น”