เป็นประเด็นใหญ่ทางการเมืองเมื่อคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) มีมติแจ้งข้อกล่าวหานายทักษิณ ชินวัตร เมื่อครั้งดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรี นายพิเชษฐ สถิรชวาล เมื่อครั้งดำรงตำแหน่ง รมช.คมนาคม ,นายทนง พิทยะ เมื่อครั้งดำรงตำแหน่งประธานกรรมการ บมจ.การบินไทย และนายกนก อภิรดี เมื่อครั้งดำรงตำแหน่งกรรมการผู้อำนวยการใหญ่ บมจ.การบินไทย ในความผิดฐานร่วมกันปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ กรณีการจัดซื้อเครื่องบินแอร์บัสแบบ A340-500 และแบบ A340-600 จำนวน 10 ลำ ในช่วงปี 2546-2547 ทำให้ บมจ.การบินไทย ได้รับความเสียหาย
ส่วนนายสุริยะ จึงรุ่งเรืองกิจ อดีต รมว.คมนาคม หนึ่งในผู้ถูกกล่าวหา คณะกรรมการ ป.ป.ช. มีมติให้ข้อกล่าวหาตกไป เนื่องจากในขณะที่มีการอนุมัติให้มีการจัดซื้อเครื่องบินแอร์บัสทั้งสองรุ่นนั้นนายสุริยะ ไม่ได้เป็นผู้รับผิดชอบและกำกับดูแล บมจ.การบินไทย แต่เป็นนายพิเชษฐ ในฐานะ รมช.คมนาคม ที่มีหน้าที่รับผิดชอบในการกำกับดูแล บมจ.การบินไทย ซึ่งผู้ถูกกล่าวหาในคดีดังกล่าวมีทั้งสิ้น 5 คน ได้แก่ นายทักษิณ ,นายพิเชษฐ ,นายทนง,นายกนก และนายสุริยะ
สำหรับขั้นตอนภายหลังหลังมีมติดังกล่าว ป.ป.ช. จะทำหนังสือแจ้งข้อกล่าวหากับนายทักษิณ ,นายพิเชษฐ ,นายทนง และนายกนก อย่างเป็นทางการ จากนั้นเรียกผู้ถูกกล่าวหาทั้ง 4 รายมาชี้แจงต่อไป อย่างไรก็ตามเนื่องจากขั้นตอนนี้เป็นเพียงการแจ้งข้อกล่าวหาเท่านั้น ดังนั้นบุคคลทั้ง 4 ยังเป็นผู้บริสุทธิ์อยู่
ทั้งนี้เครื่องบินแอร์บัส รุ่น A340-500 และรุ่น A340-600 จำนวน 10 ลำ ถูกระบุว่าเป็นภาระใหญ่ที่ทำให้การบินไทยมีหนี้สะสมเพิ่มขึ้นจำนวนมหาศาล โดยเครื่องบินทั้ง 10 ลำจัดซื้อในช่วงปี 2546-2547 และมีมูลค่าตามบัญชี ณ วันส่งมอบ 53,043 ล้านบาทนั้น โดย เครื่องบินแอร์บัสทั้ง 2 รุ่นดังกล่าว เริ่มบินตั้งแต่เดือน ก.ค.2548 ถึง 7 ม.ค.2556 ในเส้นทางบินตรงกรุงเทพ-นิวยอร์ก ,กรุงเทพ-ลอสแองเจลิส และเส้นทางอื่นๆ รวม 51 เส้นทาง แต่ประสบปัญหาขาดทุนในทุกเส้นทางที่ทำการบินไม่น้อยกว่า 39,859.52 ล้านบาท จึงปลดระวางเครื่องทั้งหมดในปี 2557-2558 ทั้งๆที่ยังเหลือเวลาใช้งานอีก 5-6 ปี
อย่างไรก็ตามหลังปลดระวางได้ตั้งค่าใช้จ่ายในการ ด้อยค่าไปแล้วประมาณ 15,000 ล้านบาท และปัจจุบันพบว่าบริษัทฯ ได้ขายเครื่องบินแอร์บัส รุ่น A340-500 จำนวน 1 ลำ ให้กับกองทัพอากาศไทย ส่วนที่เหลืออีก 9 ลำ ได้แก่ รุ่น A340-500 จำนวน 3 ลำ และรุ่น A340-600 จำนวน 6 ลำ มีการประกาศขายเครื่องบินมาแล้ว 8 ครั้ง แต่ปรากฎว่าจนถึงปัจจุบัน บริษัท การบินไทย ยังขายเครื่องบินดังกล่าวไม่ได้ โดยเครื่องบินทั้งหมดจอดรอการขายอยู่ที่สนามบินอู่ตะเภามาแล้ว 5 ปี ที่สำคัญตั้งแต่ปี 2556-2560 บริษัทฯ มีค่าใช้จ่ายสำหรับเครื่องบิน A340 ทั้ง 9 ลำ ที่จอดรอการขาย ไม่ต่ำกว่าปีละ 27 ล้านบาท แบ่งเป็นค่าซ่อมบำรุงปีละ 17 ล้านบาท และค่าจอดเครื่องบินปีละกว่า 10 ล้านบาท