การดำรงตำแหน่งทางการเมือง
• พ.ศ. 2522 ได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จังหวัดยะลา สมัยแรกในสังกัดพรรคกิจสังคม
• พ.ศ. 2523 ผู้ช่วยเลขานุการรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง
• พ.ศ. 2524 ผู้ช่วยเลขานุการรัฐมนตรีว่าการกระทรวงอุตสาหกรรม
• พ.ศ. 2526 มีการยุบสภา ไม่ได้ลงสมัครรับเลือกตั้ง
• พ.ศ. 2527 ได้ร่วมกับนายวีระ มุสิกพงศ์ เลขาธิการพรรคประชาธิปัตย์ ก่อตั้ง “กลุ่มเอกภาพ” (กลุ่มวาดะห์) และได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรสมัยที่ 2 ในสังกัดพรรคประชาธิปัตย์
• พ.ศ. 2531 ได้นำกลุ่มวาดะห์ ออกจากพรรคประชาธิปัตย์ พร้อมกับ “กลุ่ม 10 มกรา” ร่วมกันจัดตั้งพรรคประชาชน และได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรสมัยที่ 3 ในสังกัดพรรคประชาชน และได้รับเลือกตั้งเป็นที่ปรึกษานายกรัฐมนตรี
• พ.ศ. 2532 นำพรรคประชาชนยุบรวมกับพรรคก้าวหน้า พรรคกิจประชาคม และพรรครวมไทย เป็นพรรคเอกภาพ
• พ.ศ. 2533 ดำรงตำแหน่งที่ปรึกษานายกรัฐมนตรี (พล.อ.ชาติชาย ชุณหะวัณ)
• พ.ศ. 2535 ได้นำกลุ่มวาดะห์ เข้าร่วมก่อตั้งพรรคความหวังใหม่ กับ พล.อ.ชวลิต ยงใจยุทธ ดำรงตำแหน่งเป็นรองหัวหน้าพรรคความหวังใหม่ และได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภา ผู้แทนราษฎร สมัยที่ 4 (จากการเลือกตั้ง 2535/1) และได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร สมัยที่ 5 (จากการเลือกตั้ง 2535/2) รวมทั้งดำรงตำแหน่งรองประธานสภาผู้แทนราษฎร คนที่ 1
• พ.ศ. 2537 ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย (กำกับดูแล กรมที่ดิน) การเคหะแห่งชาติ การประปานครหลวง และการประปาส่วนภูมิภาค)
• พ.ศ. 2538 ได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จังหวัดยะลา สมัยที่ 6 และได้รับแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคม ดูแลการแก้ไขปัญหาการจราจร
• พ.ศ. 2539 ได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร สมัยที่ 7 และได้รับแต่งตั้งเป็นประมุขฝ่ายนิติบัญญัติ คือ ดำรงตำแหน่งประธานสภาผู้แทนราษฎร/ประธานรัฐสภา (24 พฤศจิกายน 2539 – 27 มิถุนายน 2543) ซึ่งเป็นตำแหน่งสูงสุดฝ่ายนิติบัญญัติที่เป็นมุสลิมคนแรกของประเทศที่ได้ดำรงตำแหน่งนี้
• พ.ศ. 2540 วันที่ 11 ตุลาคม 2540 วันสำคัญของประวัติศาสตร์การเมืองไทยที่ประธานรัฐสภา นายวันมูหะมัดนอร์ มะทา ได้ทูลเกล้าถวายร่างรัฐธรรมนูญฉบับประชาชนเพื่อพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช ทรงลงพระปรมาภิไธย จากนั้นได้นำไปประกาศราชกิจจานุเบกษาในวันเดียวนั้น จึงมีผลให้รัฐธรรมนูญบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 11 ตุลาคม 2540 เป็นต้นไป
• พ.ศ. 2544 ได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร สมัยที่ 8 พรรคความหวังใหม่ และได้ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคม
• พ.ศ. 2545 สังกัดพรรคไทยรักไทย และได้ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวง มหาดไทย
• พ.ศ. 2547 ดำรงตำแหน่งรองนายกรัฐมนตรี
• พ.ศ. 2548 ดำรงตำแหน่งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร สมัยที่ 9
บทบาทประธานรัฐสภา เมื่อวันที่ 24 พฤศจิกายน 2539 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้ทรงลงพระปรมาภิไธย โปรดเกล้าแต่งตั้งนายวันมูหะมัดนอร์ มะทา เป็นประธานสภาผู้แทนราษฎร นายวันมูหะมัดนอร์ มะทา มองว่ารัฐสภาเป็นสถาบันหลักในการปกครองระบอบประชาธิปไตย จะมั่นคงหรือไม่ขึ้นอยู่กับความศรัทธาของประชาชน เท่าที่ผ่านมาความศรัทธาที่ประชาชนมีต่อรัฐสภานั้นอยู่ในเกณฑ์ที่ไม่น่าพอใจ อาจเป็นเพราะประชาชนยังไม่เข้าใจบทบาทของสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรอย่างแท้จริง คิดว่าเลือกตั้งเสร็จสิ้นแล้วทุกอย่างก็จบ ไม่ค่อยมองเห็นบทบาทที่สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจะเข้ามาทำงานในสภา ดังนั้น รัฐสภาจึงต้องมีบทบาทมากขึ้น ส่งเสริมให้สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรได้แสดงบทบาทตามที่ประชาชนคาดหมาย การประชุมสภาจะต้องกระชับและมีสาระมากกว่าเดิม
ตลอดระยะเวลาในฐานะผู้นำฝ่ายนิติบัญญัติ นายวันมูหะมัดนอร์ มะทา ได้พยายามที่จะพัฒนาการประชุมสภาให้มีประสิทธิภาพเพิ่มขึ้น รัฐบาลชุดนี้จึงมีคณะกรรมการประสานงานของสภาผู้แทนราษฎรที่ไม่เกี่ยวข้องกับรัฐบาล มีการประชุมทุกวันพุธ เพื่อประสานงานเรื่องระเบียบวาระ และร่วมกันพิจารณาเป้าหมายว่า การประชุมในแต่ละวันจะให้กฎหมายผ่านกี่ฉบับ และแต่ละฉบับน่าจะใช้เวลาอภิปรายกันนานเท่าใด ซึ่งที่ผ่านมาการประชุมสภาก็เรียบร้อยขึ้น และสภามีภาพลักษณ์ที่ดีขึ้นในสายตาประชาชน
ในการประชุมสภาผู้แทนราษฎร เมื่อวันที่ 24 กันยายน 2540 นายวันมูหะมัดนอร์ มะทา ประธานสภาผู้แทนราษฎรได้กล่าวเตือนสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร ห้ามนำโทรศัพท์มือถือเข้ามาส่งเสียงรบกวนในห้องประชุม พร้อมประกาศว่า หากไม่เชื่อจะให้เจ้าหน้าที่สภาริบทันที
