จากกรณีที่เมื่อวันที่ 28 มิถุนายน 2564 นายประยูร รัตนเสนีย์ อธิบดีกรมส่งเสริมการปกครองท้องถิ่น ได้ทำหนังสือด่วนที่สุด ที่ มท 0804.3/1864 ถึง ผู้ว่าราชการจังหวัดสงขลา อ้างคำสั่ง พล.อ.อนุพงษ์ เผ่าจินดา รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ให้ นายนิพนธ์ บุญญามณี พ้นจากตำแหน่งนายกอบจ.สงขลา เป็นทางการ
ในหนังสือระบุว่า ตามที่ผู้ว่าราชการจังหวัดสงขลาได้รายงานผลการสอบสวนและเสนอความเห็นให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยใช้ดุลพินิจสั่งให้นายนิพนธ์ บุญญามณี นายกองค์การบริหารส่วนจังหวัดสงขลา พ้นจากตำแหน่งเนื่องจากคณะกรรมการ ป.ป.ช.ได้มีมติว่า นายนิพนธ์ บุญญามณี นายกองค์การบริหารส่วนจังหวัดสงขลา กระทำความผิดฐานทุจริตต่อหน้าที่ หรือกระทำความผิดต่อตำแหน่งหน้าที่ราชการ กรณีละเว้นไม่มอบอำนาจให้ผู้ขายเป็นตัวแทนในการจดทะเบียนรถซ่อมบำรุงทางอเนกประสงค์ ชนิด 10 ล้อ เครื่องยนต์ดีเซล จำนวน 2 คัน และไม่อนุมัติเบิกจ่ายเงินค่ารถทั้งสองคันให้แก่ผู้ขาย นั้น
กรมส่งเสริมการปกครองท้องถิ่น ขอเรียนว่า รัฐมนตรีว่าการกระทร่วงมหาดไทยได้อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 79 แห่งพระราชบัญญัติองค์การบริหารส่วนจังหวัด พ.ศ. 2540 แก้ไขเพิ่มเติมถึง (ฉบับที่ 5) พ.ศ. 2562 ประกอบมาตรา 98 แห่งพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต พ.ศ. 2561 สั่งให้ นายนิพนธ์ บุญญามณี พ้นจากตำแหน่งนายกองค์การบริหารส่วนจังหวัดสงขลา
อันนำมาซึ่งความเสี่ยงของ นายนิพนธ์ ว่าการถูกสั่งให้พ้นจากตำแหน่งนายกอบจ.สงขลา จากคดีทุจริตตามผลการชี้มูลของคณะกรรมการ ป.ป.ช. ดังกล่าว จะเข้าข่ายเป็นผู้ไม่มีคุณสมบัติเป็นรัฐมนตรี ตามมาตรา 160 ประกอบมาตรา 98 (8) ของรัฐธรรมนูญ ที่จะต้องไม่เคยถูกสั่งให้พ้นจากราชการ หน่วยงานของรัฐ หรือรัฐวิสาหกิจเพราะทุจริตต่อหน้าที่ หรือถือว่ากระทำการทุจริตหรือประพฤติมิชอบในวงราชการ หรือไม่